Jurisprudencia relevante para la lucha contra el tráfico ilegal de especies
La jurisprudencia muestra que España ha respondido con éxito a algunos de los retos más exigentes en la aplicación de CITES como el aumento de la visibilidad de un delito ignorado por los ciudadanos, la lucha contra la corrupción entre los agentes de la ley implicados en el tráfico ilegal de especies 
o la adaptación al uso de las nuevas tecnologías para la publicidad y venta de especies protegidas. Sin embargo, las sentencias analizadas también muestran los diferentes criterios utilizados por los jueces en casos similares y cómo elementos como el desconocimiento de la situación de las especies protegidas por parte de vendedores y recolectores o el tiempo transcurrido desde la importación han sido considerados motivos de absolución. El juez también considera motivo de absolución un acto puntual de venta realizado de forma no clandestina . Ante las visibles discrepancias en las sentencias, la Audiencia Nacional también ha recordado que la previsión normativa sobre el delito de contrabando incluye la tenencia y no sólo la importación . Por todo ello, cobra aún mayor relevancia la propuesta de reforma de la Directiva sobre delitos contra el medio ambiente, que incorpora definiciones claras de los tipos delictivos y, en particular, del delito de tráfico de especies silvestres.
En opinión de algún sector de la judicatura, las normas penales en blanco del código penal y de la Ley de Contrabando plantean problemas de aplicación dada la falta de especificidad de sus tipos y la falta de efectos disuasorios debido a las muy limitadas sanciones que establecen, especialmente las de carácter penal. Por otro lado, la aportación de pruebas en los procedimientos penales sigue siendo uno de los obstáculos más importantes en los casos de delitos contra el medio ambiente, especialmente cuando el sistema de permisos sigue siendo poco fiable dado que todavía se basan en papel y con frecuencia son falsificados o sustituidos por los de especímenes muertos, y también dada la antigüedad de los efectos, difícil de probar, incluso si el marfil puede fecharse.
La jurisprudencia muestra las limitaciones de las disposiciones del Código Penal -Art. 334- y de la Ley de Contrabando y la falta de un criterio diferenciador claro que determine su aplicación en la práctica por parte de aduanas, agentes de la autoridad, fiscales y jueces. Se ha afirmado que "En definitiva, no puede sostenerse la intercambiabilidad entre unos y otros preceptos penales, pues ello sería contrario al principio de legalidad, articulado y concretado por la regla de especialidad". No obstante, en los procedimientos administrativos sancionadores se aplican los principios del Derecho penal, siguiendo la doctrina del Tribunal Supremo.
Un elemento a tener en cuenta es que las sanciones administrativas pueden ser mucho más elevadas que las penales - por ejemplo, una sanción de 16 meses a 4 euros por día, totalizando 1984 euros por tráfico, en el caso de la sanción administrativa por contrabando habría sido el doble del valor de los especímenes incautados por un valor de 6.900 euros . Más disuasorias son las sanciones que prohíben la caza o cualquier actividad con animales, como la cría en cautividad.
La publicidad de ofertas de venta de ejemplares vivos o disecados o partes de ellos en plataformas digitales -milanuncios.com y Wallapop- ha sido considerada con distintos valores en la jurisprudencia reciente: como indicio de la comisión de una infracción administrativa o penal en función del valor de la venta o, por el contrario, sin valor alguno.
La cooperación judicial internacional ha mostrado limitaciones que podrían superarse estableciendo un sistema de permisos electrónicos, en lugar de continuar con los permisos en papel, cuyos originales no pueden enviarse en el marco de la asistencia judicial europea. El sistema de reconocimiento mutuo de legislaciones adoptado por los Estados miembros, sin embargo, no se aplica a terceros Estados, a los que se deniega una orden de extradición por incumplimiento del principio de doble incriminación que, en el caso de especies autóctonas, quedan fuera de la legislación española a partir de un caso desestimado sobre tráfico de tucanes peruanos.
En cuanto a los solapamientos y sinergias entre el tráfico de especies silvestres y otros tráficos ilícitos que se han estudiado en otros países, en España sólo existen casos aislados que no se ajustan a los criterios estudiados. Sin embargo, estos problemas no aparecen en los procesos judiciales, administrativos y penales. Existen problemas de falta de detección a pesar de compartir las mismas rutas de contrabando y métodos de transporte porque el número de ejemplares se considera "no despreciable". Para ello, sería necesario realizar entrevistas en los puestos fronterizos con Marruecos en Ceuta y Melilla, donde el tráfico ilegal de drogas y personas sigue siendo prioritario. Los macacos de Berbería traficados desde Marruecos pueden ser introducidos de uno en uno como animal de compañía cuya legalidad se presume o se ignora en el trato con los gibraltareños. Serán los problemas asociados a la seguridad, a la financiación del terrorismo por células terroristas procedentes del Magreb y los problemas de salud pública asociados a las enfermedades zoonóticas los que obliguen a mejorar las intervenciones fronterizas, que actualmente se ven obstaculizadas por las restricciones aplicables al control aleatorio de contenedores en los grandes puertos de Algeciras y Málaga, problemas extensibles a todos los grandes puertos europeos. Por esta razón, no habría datos registrados en los informes y estadísticas. El único caso fue el tráfico desde Malabo de 58 gramos de cocaína y un pangolín muerto, en la maleta de una mujer de 59 años, que el juez no consideró un caso de contrabando sino un delito contra la naturaleza.
No ha habido ningún caso de empresas implicadas en tráfico ilegal de especies. A pesar de que en España el código penal contempla la responsabilidad penal de las empresas no se aplica en el caso de los delitos relativos a la flora y fauna, y no ha habido ningún caso que pueda servir de modelo o buena práctica, sino todo lo contrario. La tendencia de las propuestas de la UE es establecer un régimen de diligencia debida para las grandes empresas -por ejemplo, las responsables de las importaciones de madera-, pero no para las pequeñas y medianas empresas. La jurisprudencia muestra, sin embargo, la implicación de tiendas de animales, anticuarios, acuarios, zoológicos privados, cotos de caza entre los responsables de infracciones relacionadas con CITES. Su actividad debe basarse en una autorización que se revisa y renueva periódicamente en función de los resultados observados y del cumplimiento de obligaciones específicas, como llevar una lista de adquisiciones. Sin embargo, sólo los responsables han sido sancionados por vía administrativa o penal y, en su caso, inhabilitados para ejercer una profesión relacionada con los animales, como la cría en cautividad o el trabajo en tiendas de animales.
En el caso de la pesca y la madera ilegales, se utiliza un enfoque de cadena de valor que permite identificar las especies con mayor valor económico, aunque CITES no las haya incluido en sus apéndices por este mismo valor económico, como en el caso de la merluza negra. En este último caso, se saldó con una multa administrativa de 17 millones de euros, ya que la pesca ilegal no pudo ser perseguida penalmente porque el Tribunal Supremo consideró que el Código Penal español no podía aplicarse en alta mar por no respetarse el principio de doble incriminación (Fajardo 2022).