Връзка с Директивата за ОВОС
Най-съществената разлика между директивите за ОВОС и СЕО се състои в техния обхват: докато ОВОС се фокусира върху конкретен проект (например изграждането на железопътна линия или магистрала или създаването на промишлена инсталация) и върху последиците/въздействията върху околната среда само на този проект, СЕО прилага по-общ подход при разглеждането на обществени планове и програми от различни сектори (селско стопанство, горско стопанство, рибарство, енергетика, промишленост, планиране на земеползването и др.) Такива планове и програми, по своето естество и определение, стоят на по-високо ниво на планиране и се състоят от поне два (но по-скоро повече) проекта, които биха попаднали в обхвата на Директивата за ОВОС. Например програмата за развитие на транспортната инфраструктура на дадена държава-членка може да включва изграждането на няколко железопътни линии и/или магистрали, докато енергийната стратегия може да включва голямо разнообразие от проекти както от Приложения I (големи топлоелектрически централи, нефтопроводи и газопроводи, подземни газохранилища или ядрени съоръжения, въздушни кабели), така и от Приложения II (по-малки топлоелектрически централи, водноелектрически централи и т.н.) на Директивата за ОВОС.
При изясняване на връзката между двете директиви Съдът на ЕС също така стигна до заключението, че тъй като оценките, извършвани съответно съгласно Директивата за ОВОС и Директивата за СЕО, се различават по редица причини, е необходимо да се спазват изискванията на двете директиви едновременно (дело C-295/10, Valčiukienė и други, параграф 60).
В член 3 от Директивата за СЕО също така се признава силната взаимовръзка между двете директиви, свързани с екологичните оценки, като се изисква задължителна СЕО за планове и програми, "които определят рамката за бъдещо съгласие за развитие на проекти, изброени в Приложения I и II към Директива 85/337/ЕИО".