DROIT DE L’EAU DE L’UNION EUROPEENNE

La désignation des zones vulnérables (article 3)

Les États membres doivent désigner comme « zones vulnérables » « toutes les zones connues de leur territoire qui alimentent les eaux » dont la concentration en nitrates dépasse certains seuils et celles qui pourraient être affectées par la pollution (articles 3 et 6), qu'il soit possible ou non de remédier à la pollution à la source et quelle que soit l'importance du prélèvement d'eau concerné. Cette obligation a donné lieu à un contentieux important. Les États membres devaient procéder à cette désignation dans un délai de deux ans à compter de la notification de la directive (article 3, paragraphe 2), puis réexaminer et, au besoin, réviser ou compléter la liste des zones vulnérables désignées « au moins tous les quatre ans (…) pour tenir compte des changements et des facteurs imprévisible au moment de la désignation précédente » (article 3, paragraphe 4). Dans les deux cas, ils informent la Commission dans un délai de six mois de toute révision ou d’ajout à la liste. Par exemple, la France n'a même pas tenté de nier qu'elle avait enfreint cette obligation en 2013, n’ayant pas tiré les conséquences de sa révision de 2007 en désignant dix zones vulnérables supplémentaires .
Au lieu de désigner des zones vulnérables, les États membres peuvent appliquer un programme d'action sur l'ensemble de leur territoire. C'est le cas de 13 États membres : Autriche, Danemark, Finlande, Allemagne, Irlande, Lituanie, Luxembourg, Malte, Pays-Bas, Pologne, Roumanie, Slovénie et Belgique (limitée à la Flandre).

Les États membres doivent donc identifier les eaux douces de surface qui contiennent ou pourraient contenir plus que la concentration maximale de nitrates, ainsi que les eaux souterraines qui contiennent ou pourraient contenir plus de 50 mg/l de nitrates, et les lacs naturels d'eau douce, les autres masses d'eau douce, les estuaires, les eaux côtières et les eaux marines qui s'avèrent eutrophes ou qui pourraient le devenir dans un avenir proche. Ainsi, les États membres sont tenus d'identifier les eaux douces eutrophes ou les eaux douces présentant un risque d'eutrophisation dans un avenir proche si les mesures prévues par l’article 5 ne sont pas prises (annexe I) . Comme l'a souligné la CJUE dans l'affaire C-543/16 « les eaux doivent être considérées comme étant atteintes par la pollution non seulement lorsque les eaux souterraines ont une teneur en nitrate supérieure à 50 milligrammes par litre, mais aussi, notamment, lorsque les lacs naturels d'eau douce, les autres masses d'eau douce, les estuaires, les eaux côtières et marines ont subi une eutrophisation » .
Si les États membres disposent d'un « large marge d'appréciation » (C-543/16) dans l'identification des eaux vulnérables en raison de la complexité des évaluations qu'ils sont appelés à réaliser dans ce cadre, ils sont tenus de respecter les objectifs de la directive, à savoir la réduction de la pollution de l'eau par les nitrates d'origine agricole, de sorte que « l'exercice de ce pouvoir d'appréciation ne saurait aboutir (…) à ce qu’une peut partie importante des eaux chargées d’azote échappe au champ d'application de la directive » .
Ainsi la Cour souligne que la directive 91/676 « n’exige pas que la cause de la pollution des eaux soit exclusivement agricole pour que les Etats membres soient tenus de qualifier ces eaux en tant qu’eaux sensibles » mais qu’elle s’applique bien « aux cas dans lesquels le rejet de composés azotés d’origine agricole contribue de manière significative à la pollution » . En d'autres termes, le seul fait que des rejets domestiques ou industriels contribuent également à la concentration de nitrates dans les eaux superficielles ne suffit pas en soi à écarter la possibilité d'appliquer la directive 91/676 . En revanche, la directive ne s'applique que dans la mesure où les rejets d'origine agricole contribuent à la pollution de manière significative, même si le droit communautaire ne prévoit pas de seuil pratique. En outre, les considérations ci-dessus n'impliquent pas que les agriculteurs doivent supporter les coûts d'élimination d'une pollution à laquelle ils n'ont pas contribué . En 2005, la Cour a estimé qu'« une telle contribution est significative lorsque l'agriculture est, par exemple, responsable à hauteur de 17% de l'azote total dans un bassin spécifique » .
Enfin dans l’affaire C-221/03, la Cour de justice a considéré qu’une « simple habilitation à définir les eaux polluées ou susceptibles de l’être et de désigner des zones vulnérables, telle que celle prévue à l’article 15 du décret sur les engrais, ne suffit pas pour transposer et mettre en œuvre la directive ». Elle déduit de l’interprétation de l’article 3 paragraphes 1 et 2 de la directive 91/676 que la définition de toutes les eaux atteintes par la pollution ou susceptibles de l’être (…) et la désignation (…) des zones vulnérables » sont « chacune des obligations distinctes qui doivent être réalisées concrètement et séparément » .

Comme l'a indiqué la Commission en 2021, la superficie totale des zones vulnérables a augmenté de 14,4% par rapport au dernier rapport sur la mise en œuvre de la directive. Toutefois, elle souligne qu'un grand nombre de points chauds de la pollution de l'eau par les nitrates d'origine agricole ne sont pas inclus dans les zones vulnérables, comme en Bulgarie, à Chypre, en Espagne, en Estonie, en Lettonie et au Portugal. Elle conclut dès lors que « tous les États membres doivent de toute urgence (...) assurer une désignation appropriée et efficace des zones vulnérables à l'azote ».