C - La qualité des eaux de baignade
« En 2021, 88% des sites de baignade côtiers de l'UE étaient classés comme étant d'excellente qualité, contre 78,2% des sites intérieurs » 
. Le dernier rapport de l'AEE souligne également que 90% des eaux de baignade ont été classées comme étant d'excellente qualité en Autriche, à Malte, en Grèce, en Croatie, à Chypre, au Danemark et en Allemagne. Actuellement, 21 551 sites de baignade sont recensés dans l'UE. La mise en œuvre de la directive concernant la qualité des eaux de baignade (76/160/CEE abrogée par la directive 2006/7/CE ) a contribué à améliorer la qualité des eaux de baignade. L'AEE mentionne que le nombre de sites de mauvaise qualité a légèrement diminué depuis 2013. La mise en œuvre insuffisante de la directive sur les eaux urbaines résiduaires dans les États membres est identifiée comme l'une des raisons entravant l'amélioration de la qualité des eaux de baignade.
La directive 2006/7/CE organise la surveillance et le classement de qualité des eau de baignade, leur gestion et l'information du public.
Les eaux de baignade visées comprennent « toute partie des eaux de surface dans laquelle l’autorité publique compétente s’attend) ce qu’un grand nombre de personnes se baignent et dans laquelle elle n’a pas interdit ou déconseillé la baignade de façon permanente ». (article 1, paragraphe 3). Par contre, la directive ne concerne pas les bassins de natation et de cure, les « eaux captives qui sont soumises à un traitement ou sont utilisées à des fins thérapeutiques, et ni les « eaux captives artificielles séparées des eaux de surface et des eaux souterraines ». Une série de définitions (exemple de « grand nombre », « station balnéaire », « prolifération de cyanobactéries ») pour clarifier le champ d’application des obligations imposées aux Etats membres et assurer une mise en œuvre convergente.
Des valeurs limites sont fixées pour les entérocoques intestinaux et Escherichia coli qui sont des indicateurs de la qualité de l'eau (article 3, paragraphe 2, et annexe I) (les entérocoques intestinaux sont « corrélés » à la gastro-entérite et Escherichia coli est le principal composant des anciennes formes de colibacilles fécaux).
La classification des eaux de baignade comporte quatre catégories : insuffisante, suffisante, bonne ou excellente. Toutes les eaux de baignade doivent être au moins de qualité « suffisante ». Des mesures sont prises en vue d'augmenter le nombre d'eaux de baignade classées « excellentes » ou « bonnes » (article 5, paragraphes 1 et 3).
En cas de classification d'une eau comme étant de qualité « insuffisante », les autorités nationales doivent prendre des mesures de gestion « adéquates », y compris une interdiction de baignade ou un avertissement déconseillant la baignade (qui devient permanent après cinq années consécutives), l'identification des causes et des raisons de ce niveau de qualité, et les mesures adéquates requises pour prévenir, réduire ou éliminer les causes de pollution (article 5, paragraphe 4).
La surveillance doit être effectuée à l'endroit de l'eau de baignade où « l’on s’attend à trouver le plus de baigneurs » ou le plus grand risque de pollution est attendu, « compte tenu du profil des eaux de baignade » (article 3, paragraphe 3). Des mesures de gestion adéquates doivent être prises en temps utile lorsque les États membres ont connaissance de situations imprévisibles qui ont, ou pourraient « vraisemblablement » avoir, une « incidence négative sur la qualité des eaux de baignade et sur la santé des baigneurs » (article 7). En outre, lorsque le profil des eaux de baignade indique une tendance à l'eutrophisation (potentiel de prolifération de cyanobactéries ou tendance à la prolifération de microalgues et/ou de phytoplancton marin), des mesures de surveillance ou de gestion appropriées doivent être prises (articles 8 et 9).
Les Etats membres assurent à la diffusion rapide d’informations « durant la saison balnéaire, à un endroit facilement accessible et situé à proximité immédiate de chaque site de baignade ». Parmi ces informations figurent notamment l’information sur : - « le classement actuel des eaux de baignage « ainsi que tout avis interdisant ou déconseillant la baignade (…) au moyen d’un signe ou d’un symbole simple et clair », et « une description générale des eaux de baignade, en termes non techniques, fondée sur le profil des eaux de baignade établi conformément à l’annexe III ».
Si les eaux de baignade sont exposées à des pollutions à court terme, il importe d’en informer le public, y compris le « nombre de jours pendant lesquels la baignade a été interdite ou déconseillée au cours de la saison balnéaire précédente à cause d’une telle pollution et un avertissement chaque fois qu’une telle pollution est prévue ou se produit » (article 12). La nature et la durée prévue des situations anormales, les raisons pour lesquelles la baignade est interdite ou déconseillée sont également communiquées. La directive précise que les Etats membres utiliseront différents moyens de communications pour assurer la diffusion d’informations « si nécessaire en plusieurs langues », concernant « une liste des eaux de baignade, le classement de chaque eau de baignade au cours des trois dernières années ainsi que son profil » ; de même pour les eaux de baignade classées « qualité insuffisante », le public doit être informé des mesures pour « prévenir l'exposition des baigneurs à la pollution » tout comme des informations sur les pollutions de courte durée (article 12).
La directive « eaux de baignade » n'a pas suscité de nombreuses affaires devant la Cour de justice de l'UE par rapport à d'autres directives européennes sur l'eau ; ces dernières ont toutes été portées dans le cadre du recours en manquement et une seule affaire a donné lieu à des sanctions financières pour non-respect d’un premier arrêt de manquement de la Cour .
Conformément à la stratégie européenne « pollution zéro » (2021), la Commission a lancé une révision de la directive 2006/7/CE et une consultation publique sur les eaux de baignade a été ouverte en octobre 2021 .