Domeniul de aplicare al directivei
Directiva privind habitatele a fost adoptată cu intenția de a acoperi trei lacune de reglementare.
Primul a fost un deficit de punere în aplicare. Comunitatea Europeană trebuia să pună în aplicare Convenția de la Berna, contribuind la rețeaua Emerald cu zone de conservare de pe teritoriul Comunității. A luat naștere rețeaua Natura 2000.
Al doilea a fost un deficit de acoperire. Comunitatea Europeană protejase până atunci doar o anumită specie - păsările - însă o protecție eficientă a biodiversității europene și a mediului natural european necesita o sferă mai largă de protecție. Gama de specii protejate se extinde până la acoperire, fiind inclusă în Directiva privind habitatele.
Al treilea a fost un deficit de reprezentativitate. Protecția habitatelor fusese până atunci doar instrumentală. Doar habitatele care serveau drept refugiu pentru unele păsări meritau protecție juridică. Cu noua directivă, habitatele naturale care sunt reprezentative pentru o varietate de ecosisteme europene beneficiază de protecție directă, indiferent de speciile care se găsesc pe acestea.