B - Les principales obligations spécifiques des États membres : Caractérisation, registre des zones protégées, programmations et tarification des services liés à l'eau
2 - Les plans de gestion et programmes de mesures
Il appartient aux États membres de déterminer les mesures qu'ils incluent dans leurs programmes afin d'atteindre les objectifs fixés par la directive-cadre sur l'eau. Les actions des États membres s'appuient sur des plans de gestion de district hydrographique dans le cadre desquels des programmes de mesures sont mis en œuvre. Les plans de gestion (1°) comportent un résumé des programmes de mesures (2°) dont ils fixent néanmoins les objectifs ; il convient dès lors de coordonner la préparation de ces deux documents.
Les plans de gestion (premiers plans avant le 22/12/2009, révisions d'ici 2015)
Un plan de gestion est établi pour chaque district hydrographique (article 13, paragraphe 1) et comprend les éléments pertinents pour la mise en œuvre de la législation applicable, dont les résultats des analyses susmentionnées (annexe VII). Outre une description générale des caractéristiques du district hydrographique et de localisation des masses d'eau et des zones protégées, le plan de gestion comprend principalement un résumé des pressions et des impacts significatifs de l'activité humaine sur l'état des eaux de surface et des eaux souterraines, une liste d'objectifs environnementaux, un résumé de l'analyse économique et un ou des programmes de mesures
Les particuliers et les parties intéressées ont le droit de participer activement à la mise en œuvre de la DCE, en particulier, à la préparation, à la révision et à la mise à jour des plans de gestion des districts hydrographiques 
. Les plans de gestion et les documents connexes sont mis à la disposition du public tout comme leurs mises à jour régulières.
Les plans de gestion de district hydrographique sont « publiés au plus tard neuf ans après la date d'entrée en vigueur de la présente directive » (2009) et doivent être « révisés et mis à jour au plus tard 15 ans après la date d'entrée en vigueur de la présente directive » (2015).
Les programmes de mesures (premiers programmes d'ici 2009)
Les programmes de mesures n'ont pas le même degré de spécificité que les plans de gestion puisqu'ils « peuvent renvoyer aux mesures découlant de la législation adoptée au niveau national et couvrant tout le territoire d'un État membre » ou s'appliquer à tous les districts hydrographiques ou portions de districts hydrographiques internationaux situés sur le territoire d'un État membre (article 11, paragraphe 1). Ces programmes constituent « les instruments de planification de base pour répondre aux pressions identifiées sur les masses d'eau concernées » qui tiennent compte des résultats des analyses et examens requis en vertu de l'article 5. Ils comprennent des « mesures de base » considérées comme les exigences minimales à respecter (article 11, paragraphe 3) et, le cas échéant, des « mesures complémentaires » (article 11, paragraphe 4). Ces dernières comprennent des mesures relatives à l'application de règles spécifiques aux eaux de baignade, aux oiseaux sauvages, à l'eau potable, aux accidents majeurs, aux boues d'épuration, aux produits phytopharmaceutiques, aux nitrates d'origine agricole..., bref, à toute législation pertinente (article 11 et annexe VI). A cet égard, la Cour rappelle à juste titre que « lors de l'adoption des programmes de mesures (...) les Etats membres doivent non seulement atteindre les objectifs environnementaux relatifs à l'eau (...) mais aussi assurer le respect de la législation européenne relative aux zones protégées » , notamment pour éviter toute détérioration des zones protégées telles que les zones protégées couvertes par la directive 92/43/CEE. Dans l'affaire 559/19, la Cour a conclu ainsi que la Commission « a démontré à suffisance la probabilité que le captage excessif d'eau pour l'approvisionnement urbain de la zone de Matalascanas ait occasionné des perturbations significatives dans les habitats protégés de la zone protégée de Donana située à proximité du noyau touristique de Matalascanas » .
Outre la mise en œuvre des programmes de mesures, la DCE prévoit également l'adoption de programmes de surveillance de l'état des eaux (article 8) qui devront être opérationnels au plus tard 6 ans après la date d'entrée en vigueur de la DCE (2006).