B-Schlüsselspezifische Verpflichtungen der Mitgliedstaaten: Charakterisierung, Verzeichnis der Schutzgebiete, Programme und Preisgestaltung für Wasser
2-Managementpläne und Maßnahmenprogramme
Es obliegt den Mitgliedstaaten, die konkreten Maßnahmen festzulegen, die sie in ihre Programme aufnehmen, um die in der Wasserrahmenrichtlinie und in den Durchführungsmaßnahmen festgelegten Ziele zu erreichen, die in Übereinstimmung mit den später verabschiedeten Strategien erlassen wurden.
Die Maßnahmen der Mitgliedstaaten stützen sich auf die Bewirtschaftungspläne für die Flussgebietseinheiten, im Rahmen derer integrierte Maßnahmenprogramme durchgeführt werden. Da die Bewirtschaftungspläne (Ziffer 1) eine Zusammenfassung der Maßnahmenprogramme (Ziffer 2) enthalten müssen, deren Ziele sie dennoch vorgeben, muss die Ausarbeitung beider Dokumente koordiniert werden.
Managementpläne (erste Pläne vor dem 22.12.2009, Überprüfungen bis 2015)
Für jede Flussgebietseinheit wird ein Bewirtschaftungsplan für das Einzugsgebiet erstellt (Artikel 13 Absatz 1), der die für die Umsetzung der geltenden Rechtsvorschriften relevanten Elemente enthält, insbesondere die Ergebnisse der oben genannten Analysen (Anhang VII). Neben einer allgemeinen Beschreibung der Merkmale der Flussgebietseinheit sowie der Lage der Wasserkörper und der Schutzgebiete enthält der Plan vor allem eine Zusammenfassung der wesentlichen Belastungen und Auswirkungen menschlicher Tätigkeiten auf den Zustand der Oberflächengewässer und des Grundwassers, eine Liste der Umweltziele, eine Zusammenfassung der wirtschaftlichen Analyse und eines der Maßnahmenprogramme (siehe unten).
Die Bewirtschaftungspläne für die Flussgebietseinheiten und die damit zusammenhängenden Arbeiten müssen der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden, ebenso wie ihre Aktualisierungen. Einzelpersonen und interessierte Kreise haben ein Recht darauf, aktiv an der Umsetzung der Richtlinie und insbesondere an der Erstellung, Überprüfung und Aktualisierung der Bewirtschaftungspläne für die Flussgebietseinheiten beteiligt zu werden. 
Die Bewirtschaftungspläne für die Einzugsgebiete müssen "spätestens neun Jahre nach Inkrafttreten dieser Richtlinie" (2009) veröffentlicht und "spätestens 15 Jahre nach Inkrafttreten dieser Richtlinie" (2015) überprüft und aktualisiert werden.
Maßnahmenprogramme (erste Programme bis 2006)
Die Maßnahmenprogramme sind nicht so spezifisch wie die Bewirtschaftungspläne, da sie "auf Maßnahmen verweisen können, die sich aus den auf nationaler Ebene erlassenen Rechtsvorschriften ergeben und für das gesamte Hoheitsgebiet eines Mitgliedstaats gelten" oder für alle Flussgebietseinheiten oder Teile von internationalen Flussgebietseinheiten im Hoheitsgebiet eines Mitgliedstaats gelten (Artikel 11 Absatz 1). Diese Programme sind "die grundlegenden Planungsinstrumente, um den festgestellten Belastungen der betroffenen Wasserkörper zu begegnen", wobei die Ergebnisse der in Artikel 5 geforderten Analysen und Überprüfungen berücksichtigt werden. Sie enthalten "grundlegende Maßnahmen", die als einzuhaltende Mindestanforderungen gelten (Artikel 11 Absatz 3), und gegebenenfalls "ergänzende Maßnahmen" (Artikel 11 Absatz 4). Zu diesen Programmen gehören Maßnahmen, die sich auf die Anwendung spezifischer Vorschriften für Badegewässer, wildlebende Vögel, Trinkwasser, schwere Unfälle, Klärschlamm, Pflanzenschutzmittel, Nitrate aus landwirtschaftlichen Quellen ..., kurz gesagt, auf alle einschlägigen Rechtsvorschriften beziehen (Artikel 11 und Anhang VI). In diesem Zusammenhang weist der Gerichtshof zu Recht darauf hin, dass "die Mitgliedstaaten bei der Verabschiedung von Maßnahmenprogrammen (...) nicht nur die wasserbezogenen Umweltziele erreichen (...), sondern auch die Einhaltung der europäischen Rechtsvorschriften für die Schutzgebiete sicherstellen müssen" , insbesondere um eine Verschlechterung der Schutzgebiete, die unter die Richtlinie 92/43/EWG fallen, zu vermeiden. In der Rechtssache C-559/19 kam der Gerichtshof zu dem Schluss, dass die Kommission "hinreichend nachgewiesen hat, dass die übermäßige Wasserentnahme für die städtische Versorgung des Fremdenverkehrsgebiets Matalascanas eine erhebliche Störung der geschützten Lebensräume des Schutzgebiets Donana in der Nähe des Fremdenverkehrszentrums Matalascanas verursacht hat" .
Neben der Durchführung von Maßnahmenprogrammen sieht die WRRL auch die Verabschiedung von Programmen zur Überwachung des Gewässerzustands vor (Artikel 8), die spätestens sechs Jahre nach Inkrafttreten der WRRL (2006) einsatzbereit sein müssen.