B - La législation européenne sur l'eau et les tribunaux nationaux : une coopération juridictionnelle croissante et nécessaire
Les litiges devant les juridictions nationales concernant l'eau peuvent se rapporter directement ou indirectement à la législation européenne sur l'eau. Lorsque le litige devant une juridiction nationale concerne directement la législation européenne proprement dite, une ou plusieurs dispositions d'une directive sur l'eau sont invoquées par les parties comme objet du différend ou comme argument juridique décisif. Cependant, il existe de nombreux cas où la législation sur l'eau est invoquée dans le contexte de l'application d'un autre législation communautaire de l'environnement, c'est-à-dire de manière indirecte.
Comme le droit de l'eau se fonde sur de nombreuses considérations d'intérêt général et de politique publique, il n'est pas surprenant qu'il donne lieu à un contentieux administratif dans la majorité des affaires portées devant les juridictions nationales. Depuis 1981, seuls 10% des affaires portées devant la Cour de justice sont des renvois préjudiciels (19 affaires). Au cours de la dernière décennie, 8/10 des renvois préjudiciels concernent l'interprétation des dispositions de la DCE et 6/10 d'entre eux ont introduits par des juridictions administratives
. Ces affaires portent sur l'autorisation ou le permis d'exercer une activité en rapport avec l'eau
. A titre d’exemple, l'autorisation d'exploiter une station d'épuration est refusée par l'autorité compétente ou les conditions de cette autorisation sont considérés trop strictes par l'exploitant, qui conteste cette décision administrative devant le tribunal compétent. Inversement, ces permis peuvent être contestés par des membres du public, qu'il s'agisse de voisins de l'installation ou d'ONG, en raison du fait que ces autorisations ont été accordées ou que les conditions d’exploitations sont estimées comme trop peu exigeantes. Le prix facturé pour la fourniture d'eau et/ou les redevances et taxes perçues en rapport avec l'utilisation de l'eau peuvent aussi faire l’objet de contestations devant le juge, soit par les utilisateurs, soit par les compagnies des eaux qui les reçoivent.
Une autre illustration de la diversité des questions que les litiges peuvent susciter est celle d’un projet national de détournement des eaux d'un fleuve vers un autre. Vingt ans de litiges, cinq arrêts de la Cour suprême administrative nationale et l'annulation de multiples décisions administratives ont conduit à un renvoi préjudiciel à la Cour de justice avec quatorze questions impliquant quatre des directives environnementales les plus connues dont la DCE
. Si le détournement d’un fleuve peut avoir un impact négatif sur l'état de la masse d'eau, il pourrait être autorisé, à titre dérogatoire pour des raisons « d'intérêt général majeur » ou si « les bénéfices pour l'environnement et la société qui sont liés à la réalisation des objectifs » de la directive « sont inférieurs aux bénéfices pour la santé humaine, le maintien de la sécurité pour les personnes ou le développement durable qui résultent des nouvelles modifications ou altérations » (article 4 paragraphe 7 de la DCE). Dès lors si un bassin hydrographique ne peut satisfaire aux besoins en eau potable, en production d'électricité ou en irrigation à partir de ses ressources en eau, un transfert d’eau d’un bassin hydrographique à un autre est envisageable dans le respect des conditions de l’article 4 paragraphe 7 ; de plus un tel projet ne doit pas « compromettre sérieusement la réalisation des objectifs » de la DCE. En outre, dans l’hypothèse où un détournement partiel d’un fleuve porte atteinte à l’intégrité d’un site Natura abritant des habitats naturels et/ou espèces prioritaires, seules des « considérations liées à la santé de l’Homme et à la sécurité publique ou à des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement, ou après avis de la Commission, à d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur » peuvent être pris en considération au titre des dérogations de l’article 6 paragraphe 4 de la directive 92/43/CEE Habitats naturels. La détermination des « mesures compensatoires adéquates » dépend de « l’ampleur du détournement d’eau » et de « l’importance des travaux que ce détournement implique » (affaire C-43/10). Par contre, plus discutable est l’interprétation de la Cour qui conclut que la transformation d’un écosystème fluvial naturel en un écosystèmes fluvial et lacustre fortement anthropique portant atteinte à l’intégrité d’une site Natura est possible sous réserve du respect des conditions dérogatoires de l’article 6 de la directive 92/43/CEE (C-43/10). En l’espèce, ce projet de détournement partiel du fleuve Achéloos avait été approuvé par une loi nationale à l’issue d’une étude d’impact qui a servi de fondement à une décision administrative finalement annulée ;ce qui a également soulevé de graves questions.
Par ailleurs, sans saisir la Cour de justice à titre préjudiciel, certains juges nationaux s'inspirent, voire s'appuient explicitement, sur la jurisprudence de la CJUE. Un processus de convergence de jurisprudences apparaît, comme l'a illustré le contentieux relatif aux proliférations des algues vertes en Bretagne (France). En 2013, la Cour administrative de Nantes (France)
cite ainsi parmi ses attendus l’arrêt de la CJUE du 8 mars 2001 (affaire C-266/99) qui condamne la France pour non-respect de la directive 75/440/CEE ; La Cour administrative de Nantes confirme également la responsabilité pour faute de l'Etat et impose l’indemnisation de 4 communes pour le préjudice subi du fait de la prolifération des algues vertes. Par conséquent, la responsabilité des autorités publiques peut être fondée aussi sur la législation européenne de l'eau
. Un État a été tenu pour responsable des préjudices causés par la prolifération d'algues vertes due à la violation des règles relatives à l'épandage d'effluents d'élevage en raison de la transposition tardive de la directive sur les nitrates d'origine agricole
. En 2001, le tribunal administratif de Rennes (France-Bretagne) a aussi condamné l'État à indemniser une compagnie des eaux pour les conséquences financières de la violation par l'État de directives environnementales de l’UE
. Il est intéressant de noter que la Cour de justice a constaté par la suite que la France avait manqué aux obligations imposées par ces mêmes directives ; en l’espèce en ne prenant pas les mesures appropriées pour identifier les eaux affectées par la pollution et, par conséquent, pour désigner les zones vulnérables correspondantes
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