B-Hohe ökologische Komplexität
Wie bereits erwähnt, stellen hydromorphologische Veränderungen den größten Druck auf die Gewässer dar. Verschiedene menschliche Aktivitäten (Landwirtschaft, Energieerzeugung, Verkehr, Raumplanung) haben die Morphologie und Hydrologie der Süßwasserkörper beeinflusst. 17 % der europäischen Wasserkörper wurden von den Mitgliedstaaten als erheblich veränderte (13 %) oder künstliche (4 %) Wasserkörper eingestuft, weil sie seit Jahrzehnten oder kontinuierlich verändert wurden. Die vom Land abfließenden Sedimente können das Wasser schlammig machen, das Sonnenlicht blockieren und so zum Tod von Wildtieren führen. Durch Bewässerung, insbesondere bei unsachgemäßer Anwendung, können Salze, Nährstoffe und andere Schadstoffe aus den Böden in die Gewässer gelangen. Die physische Bewirtschaftung von Flüssen und des weiteren hydrologischen Umfelds eines Flusseinzugsgebiets, z. B. durch Kanalisierung, den Bau von Dämmen oder die Bewirtschaftung von Flussufern, kann natürliche Lebensräume wie die Ufervegetation zerstören.
Das Vorhandensein von Wasserkraftwerken ist einer der Gründe, die die Mitgliedstaaten für die Ausweisung solcher Wasserkörper anführen. Staudämme, Hochwasserschutzinfrastrukturen, Landentwässerung, Wasserspeicherbecken (...) sind verschiedene Quellen hydromorphologischer Veränderungen 
; solche Maßnahmen oder Barrieren verändern das natürliche Wasserströmungsregime, beeinträchtigen die Durchgängigkeit von Flüssen und tragen zur Fragmentierung von Flüssen und zum Rückgang der biologischen Vielfalt bei. Die EUA erklärt, dass "20 % der Oberflächenwasserkörper von Barrieren betroffen sind, die eine erhebliche Belastung darstellen"; sie weist auch darauf hin, dass "bei 40 % der betroffenen Wasserkörper der Zweck der Barrieren unklar ist" . Sie unterstreicht die Bedeutung der Wiederherstellung unverbauter Feuchtgebiete und Überschwemmungsgebiete, insbesondere im Zusammenhang mit der Umsetzung der Hochwasserrichtlinie , der Anpassung an den Klimawandel und dem Natura 2000-Netzwerk .
Jüngste wissenschaftliche Studien zeigen, dass die Zersplitterung der Flüsse eine große Herausforderung darstellt, denn es gibt "mindestens 1,2 Millionen Flusshindernisse in 36 europäischen Ländern" . Gleichzeitig veranlasst die Förderung der Energieerzeugung aus erneuerbaren Quellen einige Mitgliedstaaten dazu, die Effizienz bestehender Wasserkraftwerke zu erhöhen und in neue Wasserkraftwerke zu investieren. Die Förderung nachhaltigerer Verkehrsträger wirft auch die Frage nach den ökologischen Auswirkungen der Binnenwasserstraßen (ca. 40 000 km) auf, insbesondere in Mitteleuropa.
In Anbetracht all dieser komplexen ökologischen Zusammenhänge und der vielfältigen menschlichen Einflüsse auf das Süßwasser sind integrierte und ökosystemische Ansätze unerlässlich, vor allem, wenn es um die Bewältigung aktueller Notlagen geht. Die WRRL fördert die Umsetzung des Konzepts der integrierten Bewirtschaftung von Wasserressourcen, das von der Globalen Wasserpartnerschaft definiert wird als "ein Prozess, der die koordinierte Entwicklung und Bewirtschaftung von Wasser, Land und verwandten Ressourcen fördert, um das daraus resultierende wirtschaftliche und soziale Wohlergehen auf gerechte Weise zu maximieren, ohne die Nachhaltigkeit lebenswichtiger Ökosysteme zu gefährden" . Das neue EU-Umweltaktionsprogramm bis 2030 fördert ebenfalls den Ökosystem-Ansatz "für die integrierte Bewirtschaftung von Land, Wasser und lebenden Ressourcen, der die Erhaltung und nachhaltige Nutzung auf gerechte Weise fördert, um ein Gleichgewicht zwischen den Zielen der Erhaltung, der nachhaltigen Nutzung und der Aufteilung der Vorteile der biologischen Vielfalt zu erreichen" .
Die EU ist eindeutig ein Hauptakteur im Bereich der Wasserpolitik und des Rechtsrahmens. Ihr Beitrag zusammen mit den Mitgliedstaaten, ohne die Rolle der Richter zu vergessen, muss beispielhaft und eine treibende Kraft bei der Einhaltung des Subsidiaritätsprinzips und des hohen Umweltschutzniveaus sein. Während die Wasserrahmenrichtlinie das Kernstück der EU-Wasserpolitik ist, hat das EU-Wasserrecht eine komplexe Architektur (Teil II)