B - Les complexités écologiques majeures
Comme préalablement précisé, les altérations hydromorphologiques constituent la principale pression sur les masses d'eau. Différentes activités humaines (agriculture, production d'énergie, transports, aménagement du territoire) ont affecté la morphologie et l'hydrologie des masses d'eau douce. 17% des masses d'eau européennes ont été identifiées par les États membres comme des masses d'eau fortement modifiées (13%) ou artificielles (4%) en raison d'altérations anciennes ou continues depuis des décennies. Le ruissellement des sédiments provenant des terres peut rendre l'eau boueuse, bloquer la lumière du soleil et, par conséquent, porter atteinte aux espèces. L'irrigation, surtout lorsqu'elle est mal pensée et utilisé, peut amener dans l'eau des flux de sels, de nutriments et d'autres polluants provenant des sols. La gestion physique des rivières et des bassin fluviaux, comme la canalisation, la construction de barrages ou la gestion des berges, peut perturber les habitats naturels, comme la végétation des berges.
L'existence de centrales hydroélectriques est l'une des raisons invoquées par les États membres pour désigner ces masses d'eau fortement modifiées. Les barrages, les infrastructures de protection contre les inondations, le drainage des terres, les réservoirs de stockage d'eau (...), sont différentes sources d'altérations hydromorphologiques 
; ces actions ou barrières modifient le régime naturel d'écoulement de l'eau, affectent, voire rompent la continuité des rivières et contribuent à la fragmentation de la continuité écologique des rivières et au déclin de la biodiversité. L'AEE explique que « 20% des masses d'eau de surface sont affectées par des barrières, ce qui constitue une pression importante » ; elle indique également que « pour 40% des masses d'eau affectées, l'objectif des barrières n'est pas clair » . Elle souligne dès lors l'importance de la restauration des zones humides et des plaines d'inondation déconnectées, en particulier dans le contexte de la mise en œuvre de la directive sur les inondations , de l'adaptation au changement climatique et du réseau Natura 2000 .
Des études scientifiques récentes montrent que la fragmentation des cours d'eau est un problème majeur avec « au moins 1,2 million d'obstacles dans 36 pays européens » . Dans le même temps, la promotion de la production d'énergie à partir de sources renouvelables conduit certains États membres à accroître l'efficacité des centrales hydroélectriques existantes et à investir dans de nouvelles centrales hydroélectriques. La promotion de modes de transport plus durables questionne l'impact écologique des voies navigables (environ 40 000 km) en particulier en Europe centrale et la construction de nouvelles voies.
Compte tenu de toutes ces complexités écologiques et de la diversité des pressions humaines sur l'eau douce, une approche intégrée et écosystémique est essentielle pour faire face aux urgences actuelles. La DCE encourage la mise en œuvre du concept de gestion intégrée des ressources en eau, défini par le Partenariat mondial de l'eau comme « un processus qui favorise le développement et la gestion coordonnés de l'eau, des terres et des ressources connexes, afin de maximiser le bien-être économique et social qui en résulte de manière équitable sans compromettre la durabilité des écosystèmes vitaux » . Le nouveau programme d'action pour l'environnement de l'UE à l'horizon 2030 promeut l'approche écosystémique « pour la gestion intégrée des terres, des eaux et des ressources vivantes, qui favorise la conservation et l'utilisation durable d'une manière équitable afin d'aider à atteindre un équilibre » entre les objectifs de conservation, d'utilisation durable et de partage des avantages de la diversité biologique.
L'UE est clairement un acteur clé de la gouvernance et du cadre juridique de l'eau. Sa contribution avec ses Etats membres, sans oublier le rôle des juges, doit être exemplaire et moteur dans le respect du principe de subsidiarité et du niveau élevé de protection de l'environnement. Si la DCE est la pièce maîtresse de la politique européenne de l'eau, la législation européenne sur l'eau présente une architecture complexe (partie II).