Introducción
El problema europeo de no perseguir delitos que no son percibidos como tales también se dio en España con el comercio ilegal de madera al amparo del Reglamento de Aplicación de las Leyes, Gobernanza y Comercio Forestales 
(en adelante, “FLEGT”). Por ello, España fue objeto de una pre-notificación de la Comisión Europea por falta de aplicación del Reglamento de la Madera, una vez transcurrido el plazo de transición previsto para iniciar su aplicación.
En las memorias de la Agencia Tributaria no se da cuenta de ningún control documental o reconocimiento físico sobre los productos derivados de la madera durante los años 2016 y 2017, ya sean relativos al Reglamento FLEGT o al Reglamento de la Madera (en adelante, “EUTR”) . Sin embargo, respecto al desarrollo de los controles pertinentes por las autoridades designadas para el Reglamento EUTR, la Memoria de la Fiscalía coordinadora de urbanismo y medio ambiente de 2017 afirmaba que a pesar de que «las Administraciones Públicas han de llevar a cabo controles sobre los agentes para verificar el cumplimiento de la normativa, ni la Administración Central estaba llevando control alguno ni las Comunidades Autónomas tenían en ese momento estructura alguna ni se habían establecido criterios para realizar dicha tarea» . Posteriormente, el MITECO ha pasado a ejercer como Autoridad Competente Nacional FLEGT y como Autoridad Competente Nacional EUTR de coordinación e interlocución con la Comisión Europea con la finalidad de asegurar la legalidad de la comercialización de la madera y productos de la madera. No obstante, España debe aún mejorar sus medios y recursos para hacer frente al fenómeno de la deforestación y la tala ilegal, para ello ha adoptado un Plan Nacional de control de la legalidad de la madera comercializada que se analizará posteriormente.
Antes de la adopción y aplicación del Reglamento de la Madera, la ONG Greenpeace hizo una denuncia pública de la falta de persecución del tráfico ilegal de maderas preciosas en España procedente de países de América latina. En el caso de las operaciones policiales Palo (2002-2005) y Tarima (2006) sobre tala ilegal, Greenpeace denunció que especies de caoba (Swietenia macrophylla) y palisandro de Brasil (Dalbergia nigra) entraban ilegalmente en España y se exportaban a otros países fuera y dentro de la Unión Europea . Greenpeace criticó que las empresas habían llevado a cabo contrabando de estas especies ya que sólo tenían que introducirlas con otro nombre para ahorrarse los controles aduaneros. El SEPRONA destapó las redes ilegales, pero ninguna de las empresas implicadas fue condenada. Las Autoridades Administrativas CITES y el SEPRONA habían encontrado la madera almacenada con otras especies que podrían comercializarse legalmente y con las que las empresas habían intentado blanquearlas al pertenecer a la misma familia. La Guardia Civil en las operaciones Palo y Tarima abrió diligencias penales y junto con el SOIVRE presentó el caso ante la jurisdicción penal. El caso fue desestimado al rechazarse el informe pericial. La dificultad en la prueba de este caso, es debido al blanqueo de especies amenazadas en el transporte de especies que no lo están, al mezclarse maderas de subespecies distintas, algunas protegidas por la Convención CITES y otras no. Hoy este supuesto podría evitarse en la medida en que el MITECO y el SEPRONA han desarrollado una herramienta para la identificación y detección de las maderas que se encuentran protegidas por la Convención CITES y que podría igualmente utilizarse en la aplicación de los Reglamentos de la madera y de la deforestación.
Desde los primeros casos detectados de tráfico de madera hasta ahora, se han producido importantes cambios tal y como se expuso en la Operación Quercus llevada a cabo por el SEPRONA en 2019 y 2020. Esta operación recabó información sobre el comercio ilegal de madera mediante la realización de controles sistemáticos a proveedores e instalaciones dedicadas a la importación y exportación de madera, fabricación de muebles, aserraderos, fabricación y distribución de parqué, fabricación de instrumentos musicales o palés de madera . En el transcurso de la Operación Quercus, el SEPRONA colaboró con autoridades de Brasil, Portugal, Italia y Rumanía, entre otros países europeos, a través de la Plataforma Multidisciplinar Europea contra las Amenazas Criminales (EMPACT). En el marco de esta operación, se habrían interpuesto 303 denuncias por diferentes infracciones, entre ellas 215 relativas a la comercialización ilegal de maderas, según la información ofrecida por el MITECO.
En declaraciones públicas, representantes del MITECO señalaron la conexión entre el tráfico de maderas preciosas con otros crímenes transnacionales, en los que intervienen igualmente "organizaciones criminales especializadas" que actúan como mafias y trafican no solo con madera sino también con drogas, marfil o seres humanos, muchas veces con intermediarios que actúan como transportistas.