Εισαγωγή
Η οδηγία για τα πτηνά αναγνωρίζει ότι τα άγρια πτηνά, πολλά είδη εκ των οποίων μειώνονται σταδιακά, είναι κυρίως αποδημητικά και αποτελούν κοινή κληρονομιά των κρατών μελών – και ότι η αποτελεσματική προστασία των πτηνών συνιστά συνήθως διασυνοριακό περιβαλλοντικό πρόβλημα. Αυτό απαιτεί τη διατήρηση ή την αποκατάσταση μιας επαρκούς ποικιλίας και έκτασης οικοτόπων, θέτοντας ορισμένα είδη υπό καθεστώς ειδικών μέτρων διατήρησης, ρυθμίζοντας το κυνήγι και αποτρέποντας τα εμπορικά συμφέροντα από το να ασκούν επιβλαβείς πιέσεις στα επίπεδα εκμετάλλευσης.
Ομοίως, η οδηγία για τους οικοτόπους αναγνωρίζει ότι απειλούνται σοβαρά πολλοί φυσικοί οικότοποι και άγρια είδη, ότι αποτελούν μέρος της φυσικής κληρονομιάς της ΕΕ και ότι οι απειλές για αυτούς είναι συχνά διασυνοριακού χαρακτήρα. Κάτι τέτοιο απαιτεί τη διατήρηση και την αποκατάστασή τους τόσο μέσω της προστασίας του τόπου όσο και μέσω ενός γενικού συστήματος προστασίας για ορισμένα είδη χλωρίδας και πανίδας, συμπληρωματικά προς την οδηγία για τα πτηνά, αλλά και επιτρέποντας μέτρα διαχείρισης για ορισμένα είδη, εάν το δικαιολογεί η κατάσταση διατήρησής τους. 
Για την επίτευξη αυτής της προστασίας, τα τελευταία χρόνια η Ευρωπαϊκή Ένωση έχει δημιουργήσει ένα πολύ εκτεταμένο δίκτυο προστατευόμενων περιοχών σε όλα τα κράτη μέλη, το λεγόμενο Natura 2000 . Με βάση πληροφορίες που παρασχέθηκαν επίσημα από τα κράτη μέλη, η Επιτροπή και ο Ευρωπαϊκός Οργανισμός Περιβάλλοντος ανέπτυξαν το «βαρόμετρο Natura 2000» , το οποίο συνοψίζει την πρόοδο σχετικά με τη θέσπιση του Natura 2000 σε κάθε κράτος μέλος. Σύμφωνα με το τελευταίο βαρόμετρο που συνοψίζει την κατάσταση έως τον Ιανουάριο του 2016, το Natura 2000 αποτελείται από 27 312 τοποθεσίες, καλύπτοντας 1 147 956 km². Στην ξηρά καλύπτει 787 606 km² (περισσότερο από το 18 % της επιφάνειας της ξηράς στην ΕΕ) και στη θάλασσα 360 350 km² (εκτιμάται σε περίπου 6 % της θαλάσσιας επιφάνειας της ΕΕ). Αντιπροσωπεύει το μεγαλύτερο συντονισμένο υπερεθνικό δίκτυο περιοχών διατήρησης της φύσης στον κόσμο.